1. Thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất là gì?
Trước hết, Doanh nghiệp chế xuất là doanh nghiệp chuyên sản xuất hàng xuất khẩu, thực hiện các dịch vụ cho sản xuất hàng xuất khẩu và hoạt động xuất khẩu được thành lập và hoạt động theo quy định của Chính phủ về doanh nghiệp chế xuất.
Cùng đó, thủ tục hải quan là các công việc mà người khai hải quan và công chức hải quan phải thực hiện theo quy định của Luật Hải quan đối với hàng hóa, phương tiện vận tải.
Như vậy có thể hiểu đơn giản về Thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất là việc mà các doanh nghiệp chuyên sản xuất hàng xuất khẩu khai hải quan và công chức hải quan thực hiện theo quy định pháp luật.
2. Hồ sơ làm thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất
Thành phần hồ sơ gồm có:
- Bảng tổng hợp hàng hóa sản xuất nhập-xuất-tồn: nộp 02 bản chính
- Báo cáo tổng hợp số lượng hàng hóa tiêu dùng được nhập khẩu và mua từ nội địa của doanh nghiệp chế xuất: 01 bản điện tử, trong trường hợp cần thiết mới yêu cầu 01 bản ở dạng giấy.
- Tờ khai xuất khẩu sản phẩm: 01 bản điện tử, trong trường hợp cần thiết mới yêu cầu 01 bản ở dạng giấy.
3. Thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất
3.1. Hàng hóa xuất nhập khẩu từ nước ngoài
Trường hợp trực tiếp nhập khẩu hàng hóa: doanh nghiệp chế xuất làm thủ tục theo quy định đối với hàng hoá nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa, trừ việc kê khai tính thuế và khai các thông tin liên quan của danh mục hàng hóa miễn thuế trên Hệ thống.
Trường hợp nhà thầu trực tiếp nhập khẩu hàng hóa cho doanh nghiệp chế xuất: căn cứ danh mục hàng hóa nhập
khẩu do doanh nghiệp chế xuất đăng ký, nhà thầu làm thủ tục theo quy định đối với hàng hoá nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa, trừ việc kê khai tính thuế và khai các thông tin liên quan của danh mục hàng hóa miễn thuế trên Hệ thống.
Đối với hàng hoá của doanh nghiệp chế xuất xuất khẩu ra nước ngoài: làm thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất theo quy định đối với hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa, trừ việc kê khai tính thuế;
3.2. Hàng hoá gia công: 
Đối với hàng hoá do doanh nghiệp chế xuất thuê doanh nghiệp nội địa gia công, doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo quy định về gia công hàng hóa cho thương nhân nước ngoài;
Đối với hàng hoá do doanh nghiệp chế xuất nhận gia công cho doanh nghiệp nội địa, doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo quy định về đặt gia công hàng hoá ở nước ngoài.
4. Thời gian giải quyết thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất
Cơ quan hải quan tiếp nhận, đăng ký, kiểm tra hồ sơ hải quan ngay sau khi người khai hải quan nộp, xuất trình hồ sơ hải quan
Sau khi người khai hải quan thực hiện đầy đủ các yêu cầu để làm thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất, thời hạn công chức hải quan hoàn thành kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa, phương tiện vận tải được quy định như sau:
- Hoàn thành việc kiểm tra hồ sơ chậm nhất là 02 giờ làm việc kể từ thời điểm cơ quan hải quan tiếp nhận đầy đủ hồ sơ hải quan
- Hoàn thành việc kiểm tra thực tế hàng hóa chậm nhất là 08 giờ làm việc kể từ thời điểm người khai hải quan xuất trình đầy đủ hàng hóa cho cơ quan hải quan.
- Trường hợp lô hàng có số lượng lớn, nhiều chủng loại hoặc việc kiểm tra phức tạp thì Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi làm thủ tục hải quan quyết định việc gia hạn thời gian kiểm tra thực tế hàng hóa, nhưng thời gian gia hạn tối đa không quá 02 ngày
- Việc kiểm tra phương tiện vận tải phải bảo đảm kịp thời việc xếp dỡ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, việc xuất cảnh, nhập cảnh của hành khách và bảo đảm việc kiểm tra, giám sát hải quan
- Cơ quan hải quan thực hiện thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất vào ngày lễ, ngày nghỉ và ngoài giờ làm việc để bảo đảm kịp thời việc xếp dỡ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, việc xuất cảnh, nhập cảnh của hành khách, phương tiện vận tải hoặc trên cơ sở đề nghị của người khai hải quan và phù hợp với điều kiện thực tế của địa bàn hoạt động hải quan.
5. Câu hỏi thường gặp
Doanh nghiệp chế xuất được hiểu như thế nào?
Căn cứ theo khoản 10 Điều 2 Nghị định 82/2018/NĐ-CP quy định như sau:
“Điều 2. Giải thích từ ngữ
- Doanh nghiệp chế xuất là doanh nghiệp được thành lập và hoạt động trong khu chế xuất hoặc doanh nghiệp chuyên sản xuất sản phẩm để xuất khẩu hoạt động trong khu công nghiệp, khu kinh tế.
Doanh nghiệp chế xuất không nằm trong khu chế xuất được ngăn cách với khu vực bên ngoài theo các quy định áp dụng đối với khu phi thuế quan tại pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.”
Doanh nghiệp chế xuất có cần làm thủ tục hải quan khi nhập hàng hóa từ doanh nghiệp nội địa không?
Căn cứ tại Điều 74 Thông tư 38/2015/TT-BTC sửa đổi bởi Khoản 50 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC
Chỉ khi đã nộp đầy đủ các loại thuế và đã thực hiện đầy đủ chính sách quản lý hàng hóa nhập khẩu theo quy định như hàng hóa nhập khẩu không hưởng chế độ, chính sách áp dụng đối với doanh nghiệp chế xuất thì khi trao đổi, mua bán hàng hóa này với doanh nghiệp nội địa không phải làm thủ tục hải quan.
Như vậy, doanh nghiệp chế xuất không cần làm thủ tục hải quan nhưng doanh nghiệp nội địa vẫn phải làm thủ tục hải quan theo quy định tại Điều 76 Thông tư 38/2015/TT-BTC sửa đổi bởi khoản 52 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC.
Doanh nghiệp nội địa bán hàng hóa cho doanh nghiệp chế xuất có được tính thuế VAT là 0% không?
Thuế suất 0% đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu; hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình ở nước ngoài và ở trong khu phi thuế quan; vận tải quốc tế; hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT khi xuất khẩu.
Hàng hóa bán vào khu phi thuế quan theo quy định của Thủ tướng Chính phủ, hàng bán cho cửa hàng miễn thuế sẽ được áp dụng thuế suất 0%.
Trừ các trường hợp không áp dụng mức thuế 0% quy định tại khoản 3 nêu trên.
Tùy thuộc vào mặt hàng bán thì mới xác định được có được hưởng thuế VAT là 0% hay không, bạn tìm hiểu thêm để biết thông tin chi tiết.
Doanh nghiệp chế xuất muốn bán hàng vào nội địa thì có phải làm thủ tục chuyển mục đích sử dụng hàng hóa không?
Tại khoản 2 Điều 74 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC) quy định:
– Hàng hóa doanh nghiệp chế xuất nhập khẩu từ nước ngoài đã nộp đầy đủ các loại thuế và đã thực hiện đầy đủ chính sách quản lý hàng hóa nhập khẩu theo quy định như hàng hóa nhập khẩu không hưởng chế độ, chính sách áp dụng đối với doanh nghiệp chế xuất thì khi trao đổi, mua bán hàng hóa này với doanh nghiệp nội địa không phải làm thủ tục hải quan.
